国民党溃逃台湾之初，蒋经国出任“情报工作委员会”主任。但是，名义上归他管辖的保密局局长毛人凤却处处不买他的账，弄得蒋经国在台湾谍报系统难以舒展筋骨。
毛邦初事件
1952年是美国的大选之年，蒋介石希望亲台的共和党能在大选中获胜，便一边暗中向共和党提供竞选经费，一边积极提供不利于民主党政府的“炮弹”。这些勾当，由蒋经国特使毛邦初直接掌管。
毛邦初是蒋经国的表兄弟，其时正以空军副总司令的身份驻美，表面上负责购买飞机、油料，实则主持院外游说。毛邦初的办公室有一部直通蒋经国的电台，定期向蒋经国汇报院外游说的进展情况。当时李宗仁也在美国，李、蒋明争暗斗了几十年，积怨甚深。此届美国大选，两人又唱开了对台戏——蒋支持共和党，李则支持民主党。
毛邦初驻美的真实使命，民主党心知肚明，便要李宗仁帮助，把共和党的这个帮手给挖过来。李欣然应允，频频约毛邦初吃饭聊天。毛大大咧咧，从不推辞，全然不知他的身边就有保密局特务，他和李宗仁的所有交往都被记录在案。
不久发生一个变故：共和党议员诺兰访台，向蒋介石提出一个要求：代为主持台湾空军在美军购。诺兰是国会议员中的亲蒋骨干，蒋介石哪敢冒犯，当即应承下来，指示毛邦初向诺兰移交权力。在美军购可是台湾的一桩肥得流油的大买卖，毛邦初起初不肯撒手，但抗拒“君命”会有什么后果，他也想像得到。
于是，气急败坏的毛邦初索性把两千多万军购款席卷一空，跑到墨西哥隐居起来；并且一不做二不休，潜逃之前把台湾如何在美国搞院外游说，如何收买共和党议员，以及诺兰等如何向老蒋提供政治情报等等内幕一股脑儿给端了出来。传媒大哗，民主党趁势发起反击，提议组建专门机构，就台湾当局是否利用美国的援台专款在国会山游说一事进行调查，参议院就此还形成了决议。
幸灾乐祸的毛人凤赶紧把关于毛邦初事件的详细情报送到蒋介石案头，期望蒋介石能据此查办蒋经国。蒋介石虽然没有如毛人凤所期待的那样真的查办，但还是把蒋经国给扎扎实实地教训了一通，弄得蒋经国好长一段时间抬不起头来。
杜长城案
蒋经国遭此一劫，对毛人凤恨得咬牙切齿，更加急于瓦解毛人凤的铁桶江山，将保密局“收归国有”。用什么手段能达到这个目的？国民党情报老手郑介民向他献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，非同小可，蒋经国岂敢擅自拍板，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事，恰巧这时发生了杜长城案。
杜长城算是一个知名人士，曾在四平战役中立有“战功”。国民党逃离大陆时，杜任国防部技术总队队长，负责破坏各种设施，阻滞解放军前进；抵台初期，在“保卫大台湾”的口号下，技术总队又设计出在海水中遇敌自动升起爆炸的多种诡雷，备受毛人凤赞赏。毛有意提携杜长城，想进一步委以重任。
当时正值陈诚以解放军渡海作战为假设，在台湾海峡搞了几次“海上大爆破”的军事演习，杜长城利用这个机会，乱造预算，贪污了不少黄金，其中一部分送到毛公馆，孝敬了毛夫人向影心。
在毛人凤纵容下，他竟然异想天开，打算绑架蒋经国。谁知内情被蒋经国侦知，杜长城和他的亲信多人被捕。军法单位对如此大案不敢审决，将全部涉案名单上呈蒋介石。蒋介石一怒之下，用红笔在呈文正面的名单上打个括号，批示“一律枪决”。杜长城及涉案的另一个毛氏亲信胡凌影没能逃过此劫，成了蒋经国的枪下鬼。
经过此案，蒋介石对毛人凤开始失去信任，因而完全接受了蒋经国拟订的谍报系统改革方案。等蒋介石一批定蒋经国的改革方案，一切便雷厉风行，毛人凤大势遂去，蒋经国便正式君临台湾谍报系统，成了地道的台湾特工王。
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