杨坚建立隋朝后，废除了北周按《周礼》设立的天官大冢宰、地官大司徒、春官大宗伯、夏官大司马、秋官大司寇、冬官大司空等六官，而接受崔仲方的建议，改定官制。设三公、三师，不掌实权，而以三省为中央真正权力机关。在中央设立的三省是尚书省、门下省、内史省，其长官分别为尚书令、纳言、内史，辅助皇帝处理全国事务。门下省与内史省执掌文秘，为协助皇帝决策的机构;内史省负责起草并宣行皇帝的制诏;门下省负责审查内史省起草的制诏和尚书省拟制的奏抄。
尚书省是朝廷执行政务的总机构。尚书省下设吏、礼、户、兵、刑、工六部，处理各种政务。
吏部是六部之首，掌管全国官吏的任免、考课、黜陟、调动之政务。其长官为吏部尚书，副职为吏部侍郎。下辖吏部(一称司列)、司封、司勋、考功(一称司绩)四司。各司长官为郎中(一称大夫)，副官为员外郎。
礼部集前朝客曹及祠部等机构之职能于一身，掌礼仪、祭享、贡举之政务。其长官为礼部尚书，副职为礼部侍郎。下辖礼部(一称司礼)、祠部(一称司禋)、主客(一称司蕃)、膳部(一称司膳)四司。各司长官为郎中(一称大夫)，副官为员外郎。
户部掌管全国土地、户籍、赋税、财政收支等政务。其长官为户部尚书，副职为户部侍郎。下辖户部(一称司元)、度支(一称司度)、金部(一称司珍)、仓部(一称司庚)四司。各司长官为郎中(一称大夫)，副官为员外郎。
兵部掌管全国武官选用及兵籍、军械、地图、军令之政务。其长官为兵部尚书，副职为兵部侍郎(改称司戎少常伯)。下辖兵部(一称司戎)、职方(一称司城)、驾部(一称司舆或司驾)、库部(一称司库)四司。各司长官为郎中(一称大夫)，副官为员外郎。
刑部掌邦国律令、刑法、徒隶、按复谳禁之政。其长官为刑部尚书，副职为刑部侍郎。各司长官为郎中(一称大夫)，副官为员外郎。
工部掌全国各项工程、屯田、水利、山泽、交通之政务。其长官为工部尚书，副职为工部侍郎。下辖工部(一称司平)、屯田(一称司田)、虞部(一称司虞)、水部(一称司川或司水)四司。各司长官为郎中(一称大夫)，副官为员外郎。
门下省与内史省同掌机要，共议国政，负责审查诏令，签署章奏，有封驳之权。门下省长官为侍中，又曾称纳言、左相、黄门监等，因时而异。侍中即为宰相。内史省为隋代最高政务机构，其长官为内史。
三省六部制的实行，一方面使宰相分工明确，一方面削弱了相权，避免了权臣独揽大权，而有利于加强皇权。三省六部制是中央集权强化的体现，它对唐以后的封建统治体制有重大影响，尤其是六部制，沿用至清末。魏晋以来处于发展中的封建官僚机构，在隋代形成了完整严密的体系。
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