柏拉图之后，希腊世界最伟大的思想家是亚里士多德，亚里士多德是欧洲科学史上的里程碑。他是古代知识的集大成者，被人们称作“百科全书式的大学者”。
亚里士多德（公元前384年~公元前322年）出生、成长在一个充满着高贵而又有医学气氛的家庭。依照传统，亚里士多德本该继承父亲的衣钵，但他却在医药的熏陶中，表现出对科学的爱好。
17岁时，亚里士多德到雅典的柏拉图学院学习，钻研各种知识长达20年之久，成为同学中的佼佼者，被柏拉图称为“学院的精英”。可是，柏拉图又说：“要给亚里士多德戴上缰绳。”意思说，亚里士多德非常聪明，思维敏捷，不同于一般人；不加以管教，就不能成为柏拉图期望的人。亚里士多德很尊敬他的老师，但是，在很多问题上，他又有着自己独立的思考和见解。用他自己的话说就是：“我爱老师，但我更爱真理。”
在学院里，亚里士多德经常和柏拉图争论，有时候，会把老师问得答不上来。他不同意柏拉图把真实存在看成是“人的理念”的唯心观点。他提出这样的问题：树就是树，由种子长成，结出果实。离开实实在在的树，仅仅是头脑中的树的概念又有什么意义呢？
后来，亚里士多德终于抛弃了柏拉图的许多唯心论观点。他认为，客观存在的物质世界是永恒的，不是靠什么观念产生的。是先有了现实生活中的各种三角形状的东西，然后在人们头脑中才有三角形的观念。代数和几何的定律是从自然现象中抽象出来的。
他还认为，生命和世界都在运动，没有运动就没有时间、空间和物质。这些都具有一定的辩证法观点。但是，亚里士多德碰到一些解释不了的现象，还是要把老师的一些唯心论的观点搬出来帮忙，常常弄得自相矛盾，在唯物论和唯心论这两种观点中摇来摆去。
柏拉图去世后，亚里士多德来到小亚细亚的阿索斯城，在城主赫尔麦阿伊斯的宫廷做客，并娶了城主的侄女皮提阿斯为妻，生有一女，与自己的母亲同名。皮提阿斯死后，亚里士多德与他的侍女赫尔皮利斯同居，得一子，取名尼科马霍斯。
公元前343年，亚里士多德曾受马其顿王之聘，教育王子亚历山大。回雅典后，亚里士多德在吕刻翁自立学院，专心教育和著述，经常在走廊边走边讲授，后世称他的弟派为“逍遥学派”。
亚里士多德的研究工作得到马其顿王亚历山大的赞助。据说这位跃马东方的“帝王”派了成千的人员供他支配，有打猎的、捕鱼的、养蜂的、喂鸟的等等，分布在希腊和亚洲的各个地区。这样便帮助他建成了一座规模可观的生物实验室。亚历山大还下令为亚里士多德搜集各邦各城的法律政治资料，为他提供800塔兰特的研究费用。
公元前323年，亚历山大的死耗从巴比伦传来，雅典人一时间将自己对马其顿人的怒气发泄到亚里士多德的头上。他被控犯了“渎神罪”。他眼见祸之将至，匆匆避居于哈尔基斯。次年辞世，享年63岁。
亚里士多德是古代世界中最博学的人。他创造性地总结了前人的研究成果，对当时已知的各个学科如伦理学、政治学、经济学、战略学、修辞学、文学、物理学、医学等都做出了有意义的探索，并开辟了逻辑学、动物学等新领域。可以毫不夸张地说，亚里士多德的研究成果代表了古希腊科学的最高水平。
值得注意的是，亚里士多德的认识是有系统的，分门别类的，从基本知识出发加以分析推论或归纳，从而形成一个体系。他是形式逻辑的创始人。他的逻辑学，在两千年前的欧洲思想界就已形成体系。
在亚里士多德之前，科学还处于胚胎时期，亚里士多德孕育了这一胎儿并使它降生。希腊人之前的文化都是用超自然的力量来解释自然界的每种神秘变化的，到处都是神的作用。亚里士多德的光辉成就之一就是能以宽广的胸怀和勇气把科学组织成一个有条不紊的庞大机体。
但是，亚里士多德是拥护奴隶制度的。他认为社会上有一部分人做奴隶，另一部分做主人，是“当然而合理”的事，这又说明他思想中的阶级局限。
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