嘉庆帝在位二十四年，继承前代形成的衰朽之局，有心兴革而无力兴革。长期积累的种种社会矛盾，不断爆发为人民群众的武装反抗。嘉庆元年，川、楚、陕等省即爆发了规模浩大的白莲教农民起义。起义以反清复明为号召，参加者多至数十万人。武装斗争遍及三省边界和河南南部地区，延续了九年之久。清王朝为镇压起义，动用兵力十余万人，耗费军费二万万两。东南沿海人民的海上武装斗争，随之兴起，先后历时八年，波及浙江、福建、广东三省。直隶、河南、山东地区的天理会起义，威胁京畿，起义者曾打入皇宫，震动了宫廷。全国各地接连不断的人民起义，此仆彼起。以嘉庆帝为首的统治集团终日皇皇，不能自安。清朝的统治日益动摇。
乾隆帝为求立功耀武，连年在边疆地区和周邻诸国发动战争的局面，到嘉庆帝即位时已经终结。历史的发展，使清王朝转而面临着外国侵略的威胁。向东方寻求殖民利益的英国，不断在中国的东南沿海侵扰，堵截他国的商船。鸦片大量输入，使清朝的白银外流，也为社会经济的发展带来多方面的危害。日益衰弱的清朝面对着日渐强盛的英国的来侵，斗争不可免了。
(一)川陕楚地区的农民起义
一、起义的发动
嘉庆元年(一七九六年)正月，嘉庆帝刚刚宣告即位，湖北枝江、宜都等地即爆发了白莲教徒发动的农民起义。
乾隆帝镇压了王伦领导的农民起义后，白莲教仍在民间秘密流传。陕、楚交界处的南山和川、楚间的巴山，距省城遥远，山区的农民和山民，遭受着地方官吏和地主豪霸的残酷剥夺。乾隆时期，两湖、安徽、江西、四川、河南等地的饥民陆续进入山区，开垦荒地谋生，在山林间，搭棚居住，因而又被称为“棚民”。耕地不足，又在盐井和铁厂、纸厂、煤厂等处充当雇工或背运为生。数年之间，聚集数十万人。棚民遭受多方欺凌，最为艰苦。经过白莲教徒的发动，三省交界的山区，成为起义的爆发点。
乾隆帝退位前，曾对这些省区的白莲教徒严厉镇压。白莲教以其他名义，秘密传布。一七七五年(乾隆四十年)，号为混元教的首领河南鹿邑县人樊明德被清朝逮捕处死。弟子刘松被发遣甘肃隆德县。一七八八年(乾隆五十三年)，刘松又与弟子刘之协继续传教，改名三阳教，称刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，辅助牛八(即“朱”，隐喻明室后裔)。次年，转往湖北襄阳，与号为收元教的教首宋之清联合，仍称三阳教。一七九二年(乾隆五十七年)，宋之清与刘之协不合，另立西天大乘教，在川、楚、陕、豫等省区广泛传布，宣传辅佐牛八，反清复明。一七九四年(乾隆五十九年)夏，清朝在陕西兴安府破获西天大乘教，逮捕首领多人。又在四川大宁县，破获收元教。九月，宋之清、齐林等首领在湖北被逮捕。十月，收元教首王应琥也在湖北被捕。刘松及刘四儿等在陕西境内被捕。刘之协脱逃。乾隆帝处死刘松、宋之清、王应琥及各地教首数十人，随即诏谕各地，对白莲教徒严加搜捕。白莲教及改换名义的各教派，是起义农民秘密联络、策划反清的组织，也是贫苦无告的民众互助自卫团体，各地入教者不下数万人。地方官吏乘机以搜捕为名，对入教者严刑逼供，多方勒索，甚至“不论习教不习教，只论给钱不给钱”。习教和不习教的民众都被逼得无路可走。一场“官逼民反”的战争不能不爆发了。
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