顺治去世前，让康熙即位，并让索尼、苏克萨哈、一遏必隆、鳌拜四位大臣辅政。康熙登上皇位后，每天不是读书就是游玩，朝廷大权都掌握在辅政大臣手里。在四个辅政大臣中，鳌拜最喜欢弄权，有极大的政治野心。康熙渐渐长大，也渐渐懂事，对有些事情有自己的看法。鳌拜决定了的事，要是康熙不同意，他就终日在朝廷上吵闹，非逼得康熙点头不可。哪个大臣提出异议，他就寻个借口杀掉他。
一转眼，康熙14岁了。按照规定，他可以亲自管理国家大事了。这时候，索尼已经死去了;苏克萨哈因为跟鳌拜有矛盾，被鳌拜诬陷为反对康熙亲政，置于死地;遏必隆则处处附和鳌拜，听从他的支配。现在，康熙已经宣布亲政了，鳌拜本来应该把权力交给康熙，可是他不但不这样做，反而比以前更专横了。
康熙想制伏鳌拜，但他知道鳌拜长期掌握朝廷大权，很难对付，稍有不慎，就会走露风声、打草惊蛇。他想出了一个办法。为了对付鳌拜，康熙挑选了上百名十几岁的少年侍卫，在宫中练习摔跤。与此同时，还不断地派出探子，探听鳌拜的动静，准备采取对策。
一天，康熙得知鳌拜要进宫奏事，就把那些每天跟他摔跤的少年侍卫叫到身边，吩咐了一番。过了一会儿，鳌拜仍和往常一样，大摇大摆地走进皇宫。康熙见了鳌拜骄横的态度，十分愤恨，便厉声说：“鳌拜!你可知罪?”鳌拜冷笑一声，还是像往常那样放肆地挥动手臂说：“我鳌拜奉先皇命令辅佐陛下8年，教会陛下如何管理国家，我有什么罪?”康熙历数鳌拜结党营私、图谋不轨等罪状，鳌拜不禁恼羞成怒，他大声叫嚷说：“说我犯了大罪，拿出证据来!”康熙见时机成熟，便大喝一声：“来人哪!快把这奸贼给我拿下了!”话音刚落，立即从四面八方冲出来许多少年侍卫。鳌拜是久经沙场的猛将，见冲上来的都是赤手空拳的小孩子，并没有放在心上，哪知这些少年身手不凡，不一会儿鳌拜便被捆得结结实实，动弹不了。康熙下令把鳌拜关起来，给被他打击和害死的大臣平了反，鳌拜后来死在狱中。
清军入关以后，遭到全国各族人民的顽强抵抗。于是，清廷对汉族官员采取分化瓦解政策，对投降的汉族官员赏以高官厚禄。“藩”是指封建王朝时期王的属地，“三藩”是指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠。这三人原是明朝边将，投降清军后，先后为清廷南征北战，为清廷立下汗马功劳。清廷在北京建立政权后，他们被封为王，享有很多特权。平西王吴三桂驻守云南、贵州，平南王尚可喜驻守广东，靖南王耿精忠驻守福建。三落不仅拥有独立的军队，还享有独立的财权。除朝廷每年拨给两千多万两饷银外，朝廷还不能征收三藩所在省的财政收入，户部也不能稽核他们的财政开支。三藩甚至掌握独立的官员任免权。三藩中以吴三桂势力最大。
公元1673年，尚可喜上书朝廷请求告老回辽东老家，同时请求让他的儿子尚之信继承王位。康熙帝立即让尚可喜还乡，但不准许他儿子继位，打算趁此机会让他们撤藩回原籍。吴三桂和耿精忠听到这个信息后坐立不安，为了试探皇帝的真实意图，两人分别上书，要求撤藩回乡。奏章送达朝廷后，整个朝廷议论纷纷。但康熙帝早已胸有成竹，特诏批准，他说：“吴三桂蓄谋已久，不赶快解决，必将成为大患。撤藩他们要反，不撤藩他们也要反，反正他们迟早都要反，我们不如先发制人!”吴三桂弄巧成拙，恼羞成怒，表面上恭恭敬敬奉诏行事，暗地里准备造反。
公元1673年年底，吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，要“伐暴救民，顺天应人”，公开打起了反清复明的旗号。次年四月，耿精忠反叛。公元1676年，尚之信接受吴三桂册奉的“招讨大将军”封号，参加反叛。三藩作乱，人多面广，举国震惊。朝廷中的一些官员甚至做了逃难的准备。康熙帝却表示对三藩要坚决镇压，绝不手软，并决定以打击吴三桂为重点。公元1678年，吴三桂见大势已去，终于抛开“反清复明”的假面具，在湖南衡山祭天称帝，国号大周，建元昭武。下令改衡州为定天府，建朝房百余间，开始了荒淫无度的帝王生活。可惜好景不长，不到五个月，吴三桂一病不起。吴三桂死后，吴三桂13岁的孙子从云南来衡州继位，改元洪化。在清军的围攻下，吴三桂小朝廷不久即放弃衡州，退回云南，最后逃至昆明。公元1680年，康熙帝令清军分三路进军云贵。次年十月，小朝廷的南门守将开门迎降，吴三桂的孙子服毒自尽。历时8年的三藩之乱终于平息了。
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